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中国科学院微生物研究所成立于1958年12月3日。六十余年来，研究所始终坚守创新科技、服务国家、造福人民的初心使命，见证了我国微生物学从起步到跻身世界先进行列的全过程，也积淀了严谨求实、团结协作、拼搏创新、勇攀高峰的优良传统，如今已发展成为微生物领域综合科研实力雄厚、学术影响力突出的重要研究机构。

研究所聚焦抢占科技制高点核心任务，针对具有战略意义的微生物类群，围绕微生物多样性与资源深度挖掘、关键病原感染防控等重要领域，微生物研究所致力于开展前瞻性、战略性的基础研究和关键技术研究，努力促进微生物新生命现象发现、基础理论和关键技术突破，带动新兴产业发展,为实现高水平科技自立自强做出重要贡献。 

研究所内设科研部门包括微生物资源与生物技术研究室、真菌学与创新技术研究室、农业微生物组学与生物技术研究室、微生物生理与代谢工程研究室、病原微生物与免疫学研究室和微生物组与微生态技术研究室。2024年，微生物多样性与资源创新利用全国重点实验室获批纳入全国重点实验室序列。

微生物所拥有菌种资源保藏量达8万余株的中国普通微生物菌种保藏管理中心（CGMCC），菌物标本收藏量达57.6万份的菌物标本馆，国家微生物科学数据中心(NMDC)和世界微生物数据中心（WDCM），为科学研究、技术进步和社会发展提供高质量的科技资源共享服务。研究所统筹管理大型仪器设备，纳入开放共享网的设备总计167台套，面向所内外100余家单位提供科技支撑。研究所建有生物安全与动物实验平台，提供高等级生物安全研究设施、安全保障和实验动物相关技术服务。

截至2024年底，微生物所共有在职职工438人，其中科技人员272人、科技支撑人员108人，包括中国科学院院士5人、研究员及正高级工程技术人员87人；共有在学研究生586人、在站博士后172人。研究所是1981年国务院学位委员会批准的博士学位授予权单位之一，现设有生物学、基础医学和药学三个一级学科，包括微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学、生物信息学、病原生物学、免疫学、微生物与生化药学等七个二级学科专业博士、硕士学位研究生培养点；设有生物与医药专业博士、硕士学位研究生培养点；同时设有生物学和基础医学一级学科下微生物学、遗传学、生物化学与分子生物学、病原生物学和免疫学五个二级学科专业博士后流动站。

目前挂靠微生物所的学术组织有中国微生物学会、中国菌物学会、中国生物工程学会3个国家级学会，微生物所与相关学会共同主办的学术刊物有《微生物学报》《微生物学通报》《菌物学报》《生物工程学报》，研究所主办mLife、hLife、Mycology等英文刊物，国际影响力持续提升。

研究所将传承六十余年的深厚积淀与创新基因，持续深化科研组织模式改革，完善人才全链条建设，强化平台协同效能，提升管理服务精细化水平，弘扬科学家精神与创新文化，全力打造国际一流的微生物学研究机构，为加快实现高水平科技自立自强、建设科技强国作出新的更大贡献。