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上海海关学院是海关总署唯一直属的全日制本科高等学校。前身为创建于1953年的上海海关学校；1980年5月，经国务院批准，升格为上海海关专科学校；1996年4月，原国家教委批准更名为上海海关高等专科学校；2007年3月，经教育部批准，设立上海海关学院，成为新设置的全日制普通高等学校。2018年5月，学校获批成为硕士学位授予单位，同时获批公共管理以及税务2个硕士专业学位授权点，办学层次实现跨越，同年海关管理专业成为世界海关组织PICARD标准认证专业。2019年，学校获批1个国家级一流本科专业建设点和1个省级一流本科专业建设点。2021年，学校设立上海海关学院临港国际校区，同时获批国际商务、翻译硕士2个专业学位授权点，顺利纳入上海市博士授予单位培育建设名单以及上海市博士后流动站建设筹备单位名单。

学校现设有海关与公共管理学院、海关与公共经济学院、工商管理与关务学院、海关法律系、海关外语系、公共教学部、马克思主义学院和检验检疫技术交流部等八个院（系）；设置了海关管理、海关检验检疫安全、海关稽查、行政管理、物流管理、审计学、国际商务、税收学、经济统计学、法学、英语等11个本科专业和公共管理硕士、税务硕士、国际商务、翻译硕士4个专业学位点，分属管理学、经济学、法学、文学等学科门类。

学校的主要任务是立足海关、面向社会，培养符合海关事业和经济社会发展需要的应用型、复合型、涉外型的高素质海关管理专业人才以及服务口岸物流和国际商务的外经贸专业人才，积极开展海关理论研究和国际交流。学校同时承担海关系统中、高级干部继续教育、知识更新和业务培训等任务，并根据世界海关组织（WCO）的分工和亚太区域国家和地区的要求，逐步承担该区域海关人员培训任务，履行相应的国际义务。

学校设有海关与国家安全、海关风险管理、报关、海关税收、海关法等研究中心，紧密结合海关改革发展和双边、多边、区域海关国际合作中面临的热点、难点问题开展科学研究。2009年，学校获准设立上海市社会科学创新研究基地、上海发展战略研究所工作室。公开出版学术期刊《海关与经贸研究》。