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北京市农林科学院水产科学研究所拥有国家淡水渔业工程技术研究中心、国家淡水鱼加工技术研发分中心（北京）、国家级北京鱼类良种场、农业农村部鲟鱼遗传育种重点实验室、渔业生物技术北京重点实验室、北方地区渔业资源环境科学观测实验站等省部级平台，建有国家大宗淡水鱼产业技术体系和国家特色淡水鱼产业技术体系北京综合试验站。

重点开展鱼类新种质创制、淡水鱼全养殖周期生物饵料精准扩培、生态循环种养新模式、水产养殖尾水处理、密云水库保水净水等应用基础和技术研究。获得国家科技进步二等奖1项、三等奖4项，省部级奖励69项、国审水产新品种1项，在保障首都、示范全国方面发挥着不可替代的作用，发挥了北京统筹引领京津冀乃至北方地区水产业发展的重要作用，助力北京建成 种业之都 和 国际科创中心 。